一般注記創薬におけるFragment-Based Virtual Screening (FBVS)では，まず代表的なフラグメント（化合物の部分構造）に関して標的タンパク質との結合親和性を計算した後に，それらをなるべく多く満たすような化合物をデータベースから検索，発見することを目指す．本研究では，このうち後者の過程を助けることを目的として，薬剤候補化合物について，(1)化合物が持つフラグメントの種類と，(2)化合物の取り得る立体配座中での2つのフラグメント間の相対位置関係をあらかじめ整理したデータベースを構築することを提案する．このとき，(1)(2)の情報をビット列で表現し，(2)については当該化合物がとり得る立体配座を最大200種類計算して，それらの状態に対応するビット表現を論理和として重ね合わせることとした．検証実験では，PDBbindデータベースの既知薬剤化合物6,858件から上述のデータベースを構築し，検索条件に合う化合物が抽出できることを確認した．
Fragment-Based Virtual Screening (FBVS) in drug discovery performs binding score calculation for many representative chemical fragments on the target protein, and then retrieves candidate compounds that satisfy the detected fragment conditions. To support the latter process, we propose a new database in which each registered chemical compound is associated with the pre-calculated information of (1) the types of fragments it has, and (2) the relative positions of all fragment pairs it has considering the possible 3D conformation of the compound. We use a bit-sequence representation for (1) and (2), and overlay (logical-OR) the bit representations of up to 200 possible conformations in (2). In a verification experiment, we built a database including 6,858 drug candidates in the PDBbind database, and showed that it is able to retrieve compounds that meet the search conditions.
identifier:oai:t2r2.star.titech.ac.jp:50622598
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