発がんゲノムにおける非コードRNAの網羅的機能解析

• 資料種別: 文書・図像類
• タイトル: 発がんゲノムにおける非コードRNAの網羅的機能解析
• 著者・編者: 榊原, 康文; 若林, 雄一; 佐藤, 健吾
• 著者標目: 榊原, 康文; 若林, 雄一; 佐藤, 健吾
• 出版年月日等: 2014
• 出版年（W3CDTF）: 2014
• 並列タイトル等: ハツガン ゲノム ニ オケル ヒコード RNA ノ モウラテキ キノウ カイセキ; Hatsugan genomu ni okeru hikodo RNA no morateki kino kaiseki; Comprehensive analysis of functional non-coding RNAs in cancer genome on multistage carcinogenesis
• タイトル（掲載誌）: 科学研究費補助金研究成果報告書
• 本文の言語コード: jpn; eng
• 件名標目: 発がん,非コードRNA,遺伝子発現解析,次世代シークエンサー,腫瘍,マウス
• 対象利用者: 一般
• 一般注記: type:text; 機能性RNAをプロセシングパターンで分類する手法を, マッピング形状を解析するソフトウェアSHARAKUにグラフ理論的な手法を組合せることで開発した。本手法をマウス発がん実験で採取した腫瘍サンプルから次世代シークエンスにより得られたデータに適用することにより, 多段階発がん過程でステージ特異的にプロセシングを受けて導出されるsmall derived RNAの網羅的な解析を世界に先駆けて行うことができた。タンパク質RNAの相互作用における残基塩基間のコンタクト予測を行うプログラムを開発した。発がん遺伝子発現解析の結果をMeis1遺伝子のコンデイショナルノックアウトマウスを用いて検証実験を行った。 First, we developed a method for classifying functional RNA combined graph theoretic approach with the software SHARAKU to calculate the mapping shape similarity for processing patterns. The proposed method was applied to the sequence data obtained by the next-generation sequencing for the tumor samples taken in the mouse carcinogenicity experiment, and comprehensive analysis of small derived RNA processed specifically at each stage in multistage carcinogenesis was carried out. Second, we developed a prediction program for protein-RNA interactions. We succeeded in developing a technique for contact prediction between residues-bases. Third, it was carried out verification experiments using transcriptome analysis of carcinogenicity for Meis1 gene of conditional knockout mouse.; 研究種目 : 基盤研究(A) 研究期間 : 2011～2014 課題番号 : 23241066 研究分野 : 生命情報科学
• 一次資料へのリンクURL: https://koara.lib.keio.ac.jp/xoonips/modules/xoonips/download.php?koara_id=KAKEN_23241066seika
• オンライン閲覧公開範囲: 限定公開
• 関連情報: 科研費研究者番号 : 10287427; 科研費研究者番号 : 40303119; 科研費研究者番号 : 20365472
• 連携機関・データベース: 国立情報学研究所 : 学術機関リポジトリデータベース（IRDB）（機関リポジトリ）; https://irdb.nii.ac.jp
• 提供元機関・データベース: 慶應義塾大学 : 慶應義塾大学学術情報リポジトリ