並列タイトル等テンイ インシ オ ヨクセイスル シンキ ショウブンシ RNA キノウ ノ カイセキ
Teni inshi o yokuseisuru shinki shobunshi RNA kino no kaiseki
Identification and characterization of transposable element-regulating small RNAs
一般注記type:text
霊長類生殖組織における小分子RNAを介したトランスポゾンの発現抑制に関しては未知の部分が大きい。そこで, 霊長類モデル生物マーモセットの小分子RNAを次世代シーケンサにより網羅的に解析した。その結果, マーモセット精巣において, トランスポゾン領域由来の新規miRNAなどを同定すると同時に, 発現している小分子RNAの大部分がpiRNAに占められていることを見いだした。piRNAについて詳細な解析を進めたところ, 多くがトランスポゾン類似配列やトランスポゾン自身に由来していた。さらに, トランスポゾンの転移能と発現するpiRNA量などの特徴を解析し, piRNAによるトランスポゾン抑制モデルを提唱した。
Small RNAs mediate transposable element (TE) silencing by binding Argonaute/Piwi proteins. Here, we describe small RNA profiling of the adult testes of Callithrix jacchus, a model primate. We identified 353 novel miRNAs, which some originated from TEs. Meanwhile, the most abundant class of small RNAs in the adult testis was piRNAs. Therefore, we generated an antibody for MARWI, a marmoset PIWI protein, and performed high throughput sequencing analysis. MARWI-piRNAs show characteristics of mouse pachytene piRNAs, and are mostly derived from conserved clustered regions in the genome, known as pIRNA clusters. Further analysis revealed that strand bias observed for piRNAs mapped to each TE subfamily correlates with the polarity of TE copies inserted in clusters. Also, more piRNAs map to TE subfamilies when they have copies in piRNA clusters. These findings suggest that TE insertions to pachytene piRNA clusters determine abundance and strand-bias of TE-derived piRNAs.
研究種目 : 若手研究(B)
研究期間 : 2013～2014
課題番号 : 25830134
研究分野 : 分子生物学, ゲノム生物学
一次資料へのリンクURLhttps://koara.lib.keio.ac.jp/xoonips/modules/xoonips/download.php?koara_id=KAKEN_25830134seika
連携機関・データベース国立情報学研究所 : 学術機関リポジトリデータベース（IRDB）（機関リポジトリ）