高次構造を考慮した超高速RNA構造アラインメント

• 資料種別: 文書・図像類
• タイトル: 高次構造を考慮した超高速RNA構造アラインメント
• 著者・編者: 佐藤, 健吾
• 著者標目: 佐藤, 健吾
• 出版年月日等: 2016
• 出版年（W3CDTF）: 2016
• 並列タイトル等: コウジ コウゾウ オ コウリョシタ チョウコウソク RNA コウゾウ アラインメント; Koji kozo o koryoshita chokosoku RNA kozo arainmento; Ultra-fast RNA structural alignments with pseudoknots
• タイトル（掲載誌）: 科学研究費補助金研究成果報告書
• 本文の言語コード: jpn; eng
• 件名標目: RNA二次構造,構造アラインメント,期待精度最大化,双対分解,整数計画法
• 対象利用者: 一般
• 一般注記: type:text; RNA構造アラインメントは古くから研究されているにも関わらず, 未だに計算量が大きいという問題がある。このため, 長鎖非コードRNAやRNAウィルスのような比較的長いRNA配列に関しては, 「配列を比べる」という基本的な解析すら厳密手法では満足に行えない状況である。本研究では, 期待精度最大化と双対分解に基づく革新的なアルゴリズムにより, シュードノットなどの複雑な高次構造を考慮したRNA構造アラインメントを高速かつ高精度に計算する手法を開発した。 Despite the fact that RNA structural alignments have been studied for a long time, there is still a problem that the computational complexity is still large. For this reason, we cannot perform even a basic analysis of "comparing sequences" by exact methods for relatively long RNA sequences such as long non-coding RNAs and RNA viruses. In this research, we developed a fast and accurate method of calculating RNA structural alignments with consideration of complicated higher order structures such as pseudoknots by a novel algorithm based on maximizing the expected accuracy and the dual decomposition.; 研究種目 : 基盤研究(C)(一般) 研究期間 : 2013～2016 課題番号 : 25330348 研究分野 : バイオインフォマティクス
• 一次資料へのリンクURL: https://koara.lib.keio.ac.jp/xoonips/modules/xoonips/download.php?koara_id=KAKEN_25330348seika
• オンライン閲覧公開範囲: 限定公開
• 関連情報: 科研費研究者番号 : 20365472
• 連携機関・データベース: 国立情報学研究所 : 学術機関リポジトリデータベース（IRDB）（機関リポジトリ）; https://irdb.nii.ac.jp
• 提供元機関・データベース: 慶應義塾大学 : 慶應義塾大学学術情報リポジトリ