並列タイトル等ヨウエキチュウ ノ スイソ イオン ノ ドウリョクガク ケイサン シュホウ ノ カイハツ ト セイタイ ブンシ エノ オウヨウ
Yōekichū no suiso ion no dōryokugaku keisan shuhō no kaihatsu to seitai bunshi eno ōyō
Development of molecular dynamics simulation for hydronium ion in solution and the application to biomolecules
一般注記type:text
我々は溶媒の量子化学効果を取り込む手法を検証・改良する過程において、全てのハイブリッドモデルシミュレーションが影響をうけるアーティファクトを発見した。このアーティファクトは今まで議論されたことはなかったが、水素イオンのダイナミクスを再現する上でそれを補正することが非常に重要になる。そこで当初の予定を変更し、このアーティファクトの詳細な分析と補正法の提唱を行いその有効性を示すことに成功した。さらに水溶液系の中で余剰の水素イオンの連続的な座標表現を、従来我々が提唱している手法に組み込むことで、水素イオンをダイナミクス計算で安定して取り扱えるように改良し、安定で正確なシミュレーションが可能 となった。
In the process of verifying and improving the method of incorporating the quantum chemical effects of solvation, we found an artifact that affects all hybrid model simulations. This artifact has not been discussed before, but the correction will be very important to reproduce the dynamics of hydronium ion. Therefore, I changed the original schedule and conducted a detailed analysis and propose the correction method for the artifacts, and succeeded in demonstrating the effectiveness. Furthermore, we incorporated the continuous coordinate representation of the excess hydrogen ion in the aqueous solution system into the method that we have proposed before. As a result, we achieved of the stable and accurate molecular dynamics simulation for the hydrogen ion.
研究種目 : 若手研究(B)
研究期間 : 2017～2018
課題番号 : 17K15101
研究分野 : 生物物理
連携機関・データベース国立情報学研究所 : 学術機関リポジトリデータベース（IRDB）（機関リポジトリ）