並列タイトル等ナンチセイ ゼンリツセンガン ノ シングル セル カイセキ ニ ヨル ゲノム エピゲノム シンカ ト シュヨウナイ フキンイツセイ ノ カイメイ
Nanchisei zenritsusengan no shinguru seru kaiseki ni yoru genomu epigenomu shinka to shuyōnai fukin'itsusei no kaimei
Analysis of genome and epigenome evolution and tumor heterogeneity by single cell analysis in drug resistant prostate cancer
一般注記type:text
流体力学を応用した次世代の新規CTC回収システムで、実際に数百から数千の生きた状態のCTC回収が可能である。薬剤耐性CRPCや NEPCのように上皮性マーカーの発現が乏しいがんにおいてもCTC研究を加速化させる革新性を有している。シングルセル解析のプラットフォームとしては分割能が優れ、RNAが分解される前に短時間で処理可能で、同時に処理可能なサンプルが多いという特徴を有する10×Genomics社のChromium single cellをライブラリー調整システムを使用したプラットフォームでCTCのシングルセルRNAシーケンス解析する。薬剤耐性前立腺癌患者4名から、流体力学を応用した次世代新規CTC回収システム（Clear Cell FX system）を応用し、ラベルフリーにより数百から数千の生きた状態のCTC回収した。CTC回収したのちに、速やかにChromium社のNGS前処理装置を用いてシングルセル化した上で、分子バーコードを付与しIllumina社NGSを用いてRNA-seq解析を実施した。薬剤に対して感受性を有する患者群と、初回耐性を有する患者群のCTCのなかに明らかに初回耐性に関連すると分別できるクラスターを見出した（論文投稿準備中）。現在これらの候補クラスターの因子の発現、機能解析について検討を進めている。
It is a next-generation new CTC collecting system that applies fluid dynamics, and can actually recover hundreds to thousands of live CTCs. The system also has the innovation to accelerate CTC research in cancers with poor expression of epithelial markers, such as drug-resistant CRPC and NEPC. A library adjustment system for 10 × Genomics Chromium single cells, which has excellent partitioning ability as a platform for single cell analysis, can be processed in a short time before RNA is degraded, and many samples can be processed at the same time. Single-cell RNA sequencing of CTCs on a platform using. Hundreds to thousands of live CTCs were recovered label-free from four drug-resistant prostate cancer patients by applying the next-generation new CTC collecting system (Clear Cell FX system) that applied fluid dynamics. After CTC collecting, the cells were immediately converted into single cells using an NGS pretreatment device manufactured by Chromium, and then subjected to RNA-seq analysis using NGS manufactured by Illumina with a molecular barcode. We found a cluster in the CTCs of the group of patients who were sensitive to the drug and the group of patients who had initial resistance that could be clearly distinguished as related to initial resistance (preparation for submission of paper). Currently, we are studying the expression and functional analysis of the factors of these candidate clusters.
申請種類 : 福澤基金研究補助
一次資料へのリンクURLhttps://koara.lib.keio.ac.jp/xoonips/modules/xoonips/download.php?koara_id=KO12003001-00002020-0050
連携機関・データベース国立情報学研究所 : 学術機関リポジトリデータベース（IRDB）（機関リポジトリ）