並列タイトル等シンガタ コロナ ワクチン エノ オウトウセイ ニ カンレンスル シュクシュ カンジュセイ イデンシ ノ ドウテイ
Shingata korona wakuchin eno ōtōsei ni kanrensuru shukushu kanjusei idenshi no dōtei
Identification of host susceptibility genes associated with response to COVID-19 vaccines.
一般注記type:text
Asian Screening Array chip（ASA chip）によりジェノタイピングして得られたデータに対し、クオリティコントロールを行った結果、新型コロナウイルスワクチン接種者2,137名における537,027 SNPのジェノタイプ データを得た。これを基に、日本人集団のリファレンスパネルを用いた遺伝型インピュテーションを行った。 得られたインピュテーションデータを用いて、ワクチン接種後の抗体価、及びT細胞性免疫を量的形質として 扱った関連解析を行ったところ、以下の領域でゲノムワイド有意水準を満たす関連を検出した。 ◯ 抗体価に関して、6番染色体 class II HLA領域（rs4959098, P = 3.1×10-12）と14番染色体 免疫グロブリン重鎖 領域（リードバリアント rs1043109及びrs193160354, P = 4.8×10-14） ◯ T細胞性免疫（CD4）に関して、6番染色体 class II HLA領域（リードバリアント rs9274659, P = 5.7×10-43） ◯ T細胞性免疫（CD4/8）に関して、6番染色体 class II HLA領域（リードバリアント rs9282156, P = 4.8×10-34） 特に、抗体価の解析で検出された14番染色体 免疫グロブリン重鎖領域のリードバリアントは、IGHG1遺伝子上のコーディング変異であり、東アジア人以外の集団ではアレル頻度0.005未満という、高度な集団特異性を示すSNPであった。
Quality control of genotyping data obtained by genotyping with the Asian Screening Array chip (ASA chip) yielded genotype data for 537,027 SNPs in 2,137 new coronavirus vaccinees. Based on this data, genotypic imputation was performed using a reference panel of the Japanese population. Using the imputation data, we performed association analysis using post-vaccination antibody titers and T-cell immunity as quantitative traits, and found associations that met the genome-wide significance level in the following areas. ◯ For antibody titer, we found associations with the chromosome 6 class II HLA region (rs4959098, P = 3.1 × 10-12) and the chromosome 14 immunoglobulin heavy chain region (lead variants rs1043109 and rs193160354, P = 4.8 × 10-14) ◯ For T-cell immunity (CD4), we found associations with the chromosome 6 class II HLA region (P = 3.1 × 10-12) and chromosome 14 immunoglobulin heavy chain region (P = 4.8 × 10-14) Chromosome 6 class II HLA region (lead variant rs9274659, P = 5.7×10-43) for T-cell immunity (CD4/8) (lead variant rs9282156, P = 4.8×10-34) The lead variant in the immunoglobulin heavy chain region of chromosome 14, a coding variant in the IGHG1 gene, is a highly population-specific SNP with an allele frequency of less than 0.005 in non-East Asian populations.
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