DNA演算シミュレータの構築

• 資料種別: 文書・図像類
• タイトル: DNA演算シミュレータの構築
• 著者・編者: 下田, 明宏 / 涌井, 智寛 / 星野, 哲男 / 畠山, 正行 / 荒木, 俊郎; SHIMODA, Akihiro / WAKUI, Tomohiro / HOSHINO, Tetsuo / HATAKEYAMA, Masayuki / ARAKI, Toshirou
• 著者標目: 下田, 明宏 / 涌井, 智寛 / 星野, 哲男 / 畠山, 正行 / 荒木, 俊郎; SHIMODA, Akihiro / WAKUI, Tomohiro / HOSHINO, Tetsuo / HATAKEYAMA, Masayuki / ARAKI, Toshirou
• 出版事項: 情報処理学会
• 出版年月日等: 2005-05-10
• 出版年（W3CDTF）: 2005-05-10
• 並列タイトル等: A Development of DNA Computing Simulator; DNA エンザン シミュレータ ノ コウチク
• タイトル（掲載誌）: 情報処理学会研究報告. MPS, 数理モデル化と問題解決研究報告
• 巻号年月日等（掲載誌）: 2005 37
• 掲載巻: 2005
• 掲載号: 37
• 掲載ページ: 17-22
• 本文の言語コード: jpn
• 対象利用者: 一般
• 一般注記: application/pdf; テクニカルレポート; DNA計算の分野において計算アルゴリズムが幾つか提案されている.提案されたDNA計算アルゴリズムは分子生物学的なDNA計算は実験によって実現されるものであり, 実験を行って検証しなければならない.しかし実験にはいくつかの困難があり容易ではない.そこでDNA計算シミュレータがこれらの実験の前段階として有効である.しかし現存するシミュレータは種類も少なく, また, 時間的に連なる複数の操作手続きを連続して実行できるようには作られていない.そこで我々は連なった操作が行える様な仕組みを実現したDNA計算シミュレータを開発した.開発したシミュレータを既存のVNAシミュレータと比較した.その結果, 計算精度は共通機能についてはほぼ同じ精度であることが分かった.それに加えて, 開発したシミュレータは, 連続した操作を実現した以外にも幾つかの新しい特徴を持っている.それは入出力のDNA分子の種類数を大幅に増やしたために, DNA分子のうち従来のシミュレータでは無視されていたごく少数のDNA分子も保持でき, シミュレーションに組み入れられたことである.今後の課題は本シミュレータの妥当性と実現性を分子生物学的な実験と比較して検証すること, 及び, 他の複雑な計算シミュレーションに応用できるように機能を拡張することである.; In the DNA computing field, some DNA computing algorithms have been proposed. The DNA computings can be realized based on the bio-molecular experiments. Then, these proposed DNA computing algorithms must be verified using these experiments. A DNA computing simulator is valuable as the preceding stage tool of these experiments. The existing simulators are, however, only a few, and the existing ones can not be used for plural sequential operation procedures. Therefore we have developed a DNA computing simulator that can be used for sequentially constituted DNA computing operation procedures. The developed simulator has been compared with the VNA simulator and the other one. The results show that the arithmetic accuracy is almost the same in the common functions. In addition, the simulator that we have developed has some new features. That is, since the numbers of input/output molecule kinds have drastically be increased, the small numbers of molecule kinds that are neglected in the existing simulators can also be maintained in the program and treated in the simulation. The future work is to verify the reasonableness and realizability of this simulator by comparing with the bio-molecular experiments, and expanding the functions of this simulator to apply other complex computing simulations.
• 記録形式（IMT）: application/pdf
• 一次資料へのリンクURL: 20100389.pdf; https://rose-ibadai.repo.nii.ac.jp/record/10538/files/20100389.pdf
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• 連携機関・データベース: 国立情報学研究所 : 学術機関リポジトリデータベース（IRDB）（機関リポジトリ）; https://irdb.nii.ac.jp
• 提供元機関・データベース: 茨城大学 : 茨城大学学術情報リポジトリ