群經類: 今古學考, 古學考, 經話(甲, 乙), 知聖篇, 知聖續篇, 經學初程, 群經凡例, 群經大義, 群經總義講義, 尊經書院日課題目, 經學六變記, 尊孔篇, 倫理約編, 孔經哲學發微, 皇帝大同學革弊興利百目. 世界哲理箋釋, 家學樹坊. 周易類: 易生行譜例言, 四益易説, 易經古本, 易經經釋, 貞悔釋例. 尚書類: 書經大統凡例, 尚書今文新義, 書尚書弘道編, 書中候弘道編, 書經周禮皇帝疆域圖表, 經傳九州通解. 詩經類: 四益詩説, 詩經經釋. 三禮類: 王制訂, 王制集説, 分撰兩戴記章句, 禮記識, 禮運禮器郊特牲訂, 大學中庸演義, 坊記新解, 容經淺注, 周禮訂本略注, 周禮新義凡例, 周禮鄭注商榷. 春秋類: 穀梁春秋經傳古義疏, 公羊春秋經傳驗推補證, 春秋左氏古經説義疏, 春秋左傳杜氏集解辨正, 起起穀梁廢疾, 釋范, 何氏公羊解詁三十論, 擬大統春秋條例, 左傳古義凡例, 五十凡駁例, 左傳杜氏五十凡駁例箋, 箴箴左氏膏肓, 左氏春秋考證辨正, 左傳經例長編, 春秋圖表, 春秋三傳折中. 雜著類: 地球新義(戊戌本), 地球新義(丙子本), 六書舊義, 文字源流考, 莊子經説叙意, 莊子新解, 墨辯解故序, 楚詞講義, 楚詞新解, 會試硃卷, 游戯文, 四益館雜著, 四益館文集, 集外文. 醫書類: 隋本黄帝内經明堂, 内經平脈考, 診皮篇補證, 診筋篇補證, 診骨篇補證, 診絡篇補證, 人寸診補證, 分方異宜考, 三部九候篇, 營衛運行楊注補證, 靈素五解篇, 瘧解補證, 脈學輯要評, 脈經考證, 傷寒總論, 傷寒古本訂補, 傷寒雜病論古本, 傷寒古本考, 傷寒平議, 傷寒講義, 仲景三部九候診法, 薬治通義輯要, 難經經釋補證, 巣氏病源補養宣導法, 真藏見考, 素問靈臺秘典論篇新解. 術數類: 地理辨正補證, 地學答問, 漢志三統暦表, 撼龍經傳訂本注. 附録: 四譯館外編, 六譯先生年譜, 六譯先生年譜補遺, 六譯先生追悼録, 傳記與評論, 井研藝文志