CycPeptMPDB：包括的な環状ペプチド膜透過率データベースの開発

Material type: 文書・図像類

Author: 李, 佳男ほか

Publisher: 情報処理学会

Publication date: 2023-06

Material Format: Paper

Capacity, size, etc.: -

NDC: -

View All

Notes on use

Note (General)：: 近年，環状ペプチド医薬品は，従来の低分子医薬品や抗体医薬品では狙うことが困難な細胞内タンパク質間相互作用などを標的とすることができるため，注目を集めている．しかしながら，環状ペプチドは一般的に膜透過性が低いという欠点が存在しており，経口投与や細胞内標的の阻害が可能なペプチド医薬品を開発する上での大き...

Search by Bookstore

Holdings of Libraries in Japan

This page shows libraries in Japan other than the National Diet Library that hold the material.

List of Cooperating Institutions and Databases

Please contact your local library for information on how to use materials or whether it is possible to request materials from the holding libraries.

other

Tokyo Tech Research Repository
Paper
You can check the holdings of institutions and databases with which 学術機関リポジトリデータベース（IRDB）（機関リポジトリ） is linked at the site of 学術機関リポジトリデータベース（IRDB）（機関リポジトリ）.
Tokyo Tech Research Repository

Search by Bookstore

Bibliographic Record

You can check the details of this material, its authority (keywords that refer to materials on the same subject, author's name, etc.), etc.

Paper

Material Type: 文書・図像類
Title: CycPeptMPDB：包括的な環状ペプチド膜透過率データベースの開発
Author/Editor: 李, 佳男
Li, Jianan
柳澤, 渓甫
Yanagisawa, Keisuke
杉田, 昌岳
Sugita, Masatake
藤江, 拓哉
Fujie, Takuya
大上, 雅史
Ohue, Masahito
秋山, 泰
Akiyama, Yutaka
Author Heading: 李, 佳男
Li, Jianan
柳澤, 渓甫
Yanagisawa, Keisuke
杉田, 昌岳
Sugita, Masatake
藤江, 拓哉
Fujie, Takuya
大上, 雅史
Ohue, Masahito
秋山, 泰
Akiyama, Yutaka
Publication, Distribution, etc.: 情報処理学会
Publication Date: 2023-06
Publication Date (W3CDTF): 2023-06
Periodical title: 研究報告バイオ情報学（BIO）
No. or year of volume/issue: 2022-BIO-74 38
Volume: 2022-BIO-74
Issue: 38
Pages: 1-8
ISSN (Periodical Title): ISSN : 2188-8590
Text Language Code: jpn
Target Audience: 一般
Note (General): 近年，環状ペプチド医薬品は，従来の低分子医薬品や抗体医薬品では狙うことが困難な細胞内タンパク質間相互作用などを標的とすることができるため，注目を集めている．しかしながら，環状ペプチドは一般的に膜透過性が低いという欠点が存在しており，経口投与や細胞内標的の阻害が可能なペプチド医薬品を開発する上での大きな課題として残っている．環状ペプチドの膜透過性を測定した研究は多く報告されているが，データを統一した形式でまとめたデータベースが未だ存在しない．そのため，本研究は45件の論文および2 件の製薬企業特許から，合計7334 件の環状ペプチドの構造および実験的に測定された膜透過性データを網羅的に収集し，世界初の環状ペプチド膜透過性データベースであるCycPeptMPDB（http://cycpeptmpdb.com）として公開した．さらに，低分子化合物より複雑な環状ペプチドの構造を明確に表現するために，HELM 記法を用いて生成した全ペプチドの統一的な配列表記も収蔵されている．CycPeptMPDB は，基本的なデータストレージ機能に加えて，検索，データ分析，ダウンロードなどのいくつかのサポート機能も提供している．
Recently, cyclic peptide drugs have attracted much attention because they can aim targets such as intracellular protein-protein interactions that are difficult to be tackled by conventional small-molecule drugs or antibody drugs. However, cyclic peptides generally have the disadvantage of low membrane permeability. This remains a major challenge in the development of peptide drugs that can be orally administered and inhibit intracellular targets. Although there were many studies measuring the permeability of cyclic peptides, a comprehensive database that brings together these data in a unified format is not yet available. Therefore, this study collected a total of 7334 cyclic peptide structure and experimentally measured membrane permeability data comprehensively from 45 papers and 2 pharmaceutical company patents. We compiled them into CycPeptMPDB（http://cycpeptmpdb.com）, the world's first cyclic peptide membrane permeability database. To unambiguously represent structures of cyclic peptides, which are more complex than small-molecule compounds, CycPeptMPDB also contains a unified sequence representation of all peptides generated using the HELM notation. In addition to basic data storage, CycPeptMPDB provides several supporting functions such as searching, data analysis, and downloading.
identifier:oai:t2r2.star.titech.ac.jp:50655715
Data Provider (Database): 国立情報学研究所 : 学術機関リポジトリデータベース（IRDB）（機関リポジトリ）
https://irdb.nii.ac.jp
Original Data Provider (Database): 東京工業大学 : 東京工業大学リサーチリポジトリ