リガンド-受容体相互作用の高精度統計熱力学モデルの構築

Material type: 文書・図像類

Author: 三上, 益弘ほか

Publisher: -

Publication date: 2016

Material Format: Digital

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Note (General)：: type:text水溶液中におけるリガンド-受容体相互作用の高精度・高速計算を実現するために, 原子モデルに比べて大規模系を高速に計算できる粗視化モデル力場関数 : MARTINIの適用可能性を検証した。その結果, MARTINIは, インフルエンザウイルスの表面上に存在するヘマグルチニン分子とヒト...

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Material Type: 文書・図像類
Title: リガンド-受容体相互作用の高精度統計熱力学モデルの構築
Author/Editor: 三上, 益弘
泰岡, 顕治
秋元, 拓磨
山本, 詠士
井上, 堅斗
高岩, 大輔
九十九, 慶之
Author Heading: 三上, 益弘
泰岡, 顕治
秋元, 拓磨
山本, 詠士
井上, 堅斗
高岩, 大輔
九十九, 慶之
Publication Date: 2016
Publication Date (W3CDTF): 2016
Alternative Title: リガンド－ジュヨウタイソウゴサヨウノコウセイドトウケイネツリキガクモデルノコウチク
Rigando-juyotai sogo sayo no koseido tokei netsu rikigaku moderu no kochiku
Development of high-precision statistical thermodynamic model of ligand-receptor interactions
Periodical title: 科学研究費補助金研究成果報告書
Text Language Code: jpn
eng
Subject Heading: リガンド,受容体,分子間相互作用,分子動力学法,ハイブリッド法,粗視化モデル,古典密度汎関数法,統計熱力学
Target Audience: 一般
Note (General): type:text
水溶液中におけるリガンド-受容体相互作用の高精度・高速計算を実現するために, 原子モデルに比べて大規模系を高速に計算できる粗視化モデル力場関数 : MARTINIの適用可能性を検証した。その結果, MARTINIは, インフルエンザウイルスの表面上に存在するヘマグルチニン分子とヒト糖脂質分子間のリガンド-受容体相互作用の実験結果を定性的に再現することを明らかにした。また, コロイド懸濁液での分子動力学法と古典密度汎関数法のハイブリッド法の先行研究を調査し, 系の中で大多数を占める水分子を古典密度汎関数の一種であるSAFT理論で扱うことにより, さらに計算を高速に実現できる可能性を得た。 In order to realize high-precision and high-speed calculation of ligand-receptor interactions in aqueous solution, we examined the applicability of coarse-grained model force field function : MARTINI which can calculate a large scale system faster than atomic model. As a result, we obtained that MARTINI qualitatively reproduce experimental results of ligand-receptor interaction between hemagglutinin molecule on the surface of influenza virus and human type glycolipid molecules. In addition, we investigated the previous studies on hybrid method of molecular dynamics method and classical density functional theory method in colloidal suspension, we obtained the possibility to calculate the whole system at further high speed by handling the water molecules which are the majority of the system with the SAFT theory which is one kind of classical density functional theory.
研究種目 : 挑戦的萌芽研究研究期間 : 2014～2016 課題番号 : 26600154 研究分野 : 物理化学
Source: https://koara.lib.keio.ac.jp/xoonips/modules/xoonips/download.php?koara_id=KAKEN_26600154seika
https://koara.lib.keio.ac.jp/xoonips/modules/xoonips/download.php?koara_id=KAKEN_26600154seika
Access Restrictions: 限定公開
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科研費研究者番号 : 40306874
科研費研究者番号 : 30454044
Data Provider (Database): 国立情報学研究所 : 学術機関リポジトリデータベース（IRDB）（機関リポジトリ）
https://irdb.nii.ac.jp
Original Data Provider (Database): 慶應義塾大学 : 慶應義塾大学学術情報リポジトリ