がんビッグデータ解析による遺伝学的素因が体細胞異常プロファイルに与える影響の解明

Material type: 規格・テクニカルリポート類

Author: 片岡, 圭亮

Publisher: 慶應義塾大学

Publication date: 2021

Material Format: Digital

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Note (General)：: 出版タイプ： VoRtype:textPolygenic risk score (PRS)などの生殖細胞系列リスクの集合は、がんの遺伝学的感受性を説明可能である。しかし、このような生殖細胞系列リスクが体細胞異常や臨床因子に与える影響は明らかではない。本研究では、12種類のがん種における14個のgen...

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Material Type: 規格・テクニカルリポート類
Title: がんビッグデータ解析による遺伝学的素因が体細胞異常プロファイルに与える影響の解明
Author/Editor: 片岡, 圭亮
Author Heading: 片岡, 圭亮
Publication, Distribution, etc.: 慶應義塾大学
Publication Date: 2021
Publication Date (W3CDTF): 2021
Alternative Title: ガンビッグデータカイセキニヨルイデンガクテキソインガタイサイボウイジョウプロファイルニアタエルエイキョウノカイメイ
Gan biggu dēta kaiseki ni yoru idengakuteki soin ga taisaibō ijō purofairu ni ataeru eikyō no kaimei
Effect of common germline risk on somatic alterations in human cancers
Periodical title: 学事振興資金研究成果実績報告書
Target Audience: 一般
Note (General): 出版タイプ： VoR
type:text
Polygenic risk score (PRS)などの生殖細胞系列リスクの集合は、がんの遺伝学的感受性を説明可能である。しかし、このような生殖細胞系列リスクが体細胞異常や臨床因子に与える影響は明らかではない。本研究では、12種類のがん種における14個のgenome-wide association study (GWAS、中央値64,905例)から様々な手法を用いてPRSを作成し、UK Biobank (UKB、335,048例)のデータを用いて、最適なPRSを同定した。さらに、The Cancer Genome Atlas (TCGA、7,965例)データを用いて、PRSと体細胞異常や臨床因子との関係についてメタ解析を実施した。その結果、PRS高値が、早期のがん発症、および、総変異数およびコピー数異常数の増加と関連することが明らかになった。一方、稀な生殖細胞系列の病的バリアント（BRCA1/2バリアント）は、これらの項目と一貫した関係を示さなかった。我々の結果は、生殖細胞系列リスクが高い場合、がん発生・進展の後期に特徴的な多彩な体細胞異常の蓄積が起こる前に腫瘍が発症することを促す可能性を示唆している。 Aggregation of genome-wide common risk variants, such as polygenic risk score (PRS), can explain germline genetic liability to cancer. However, it remains unknown how common germline variants associate with somatic alterations and clinical features. We constructed PRSs from 14 genome-wide association studies (GWASs) (median n = 64,905) for 12 cancer types by multiple methods and calibrated them using the UK Biobank (UKB) resources (n = 335,048). Meta-analyses of the PRS associations across cancer types in The Cancer Genome Atlas (TCGA) (n = 7,965) revealed that a higher PRS was significantly associated with earlier cancer onset and lower burden of somatic alterations, including total mutations, chromosome/arm somatic copy number alterations (SCNAs), and focal SCNAs. This contrasts with rare germline pathogenic variants (e.g., BRCA1/2 variants), showing heterogeneous associations with somatic alterations. Our results suggest that increased cancer common germline risks allow early tumor development before the accumulation of many somatic alterations characteristic of later stages of carcinogenesis.
Data Provider (Database): 国立情報学研究所 : 学術機関リポジトリデータベース（IRDB）（機関リポジトリ）
https://irdb.nii.ac.jp
Original Data Provider (Database): 慶應義塾大学 : 慶應義塾大学学術情報リポジトリ