並列タイトル等High-throughput sequencing method of the KIR haplotype for clinical applications
タイトル（掲載誌）平成28(2016)年度 科学研究費補助金 基盤研究(C) 研究成果報告書 = 2016 Fiscal Year Final Research Report
一般注記金沢大学医薬保健研究域医学系
NK細胞に発現し、HLAを認識する受容体であるKIRは個人ごとに各ハプロタイプのもつ活性型と抑制型のKIRの遺伝子数は異なる。本研究は同種造血幹細胞移植成績向上を目指し、次世代シーケンサーによる網羅的なHLAならびにKIR領域のリシーケンス法を確立することを目的とした。34のHLA遺伝子、17のKIR遺伝子の全長をカバーするオリゴプローブをカスタムデザインし、シーケンスキャプチャー法による網羅的な解析手法を確立した。また、データ解析手法として、データベースに基づくタイピング、コピー数多型および構造多型検出によるハプロタイプ構造解析、網羅的一塩基置換および挿入欠失検出、の３つ解析法を確立した。
Killer-cell immunoglobulin-like receptors (KIRs) expressing on natural killer (NK) cells are ligands of human leukocyte antigen (HLA) class I molecules. The number of KIR genes is different among KIR haplotypes, therefore each individual has a different number of inhibitory and activating KIR genes. Here, we established high-throughput sequencing method to identify the haplotype structure of HLA and KIR genes. The method for KIR and HLA typing was based on sequence capture method with custom oligo probes and MiSeq. Sequence reads from seventeen KIR genes could be aligned. The alignment result of KIR genes has distinct depth indicating copy number variation (CNV). The single nucleotide variants were used to estimate KIR allele sequence. Combination of CNV and SNVs as KIR allele could be available to estimate KIR haplotype structure.
研究課題/領域番号:26430195, 研究期間(年度):2014-04-01 - 2017-03-31
関連情報https://kaken.nii.ac.jp/search/?qm=50420948
https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-26430195/
https://kaken.nii.ac.jp/report/KAKENHI-PROJECT-26430195/26430195seika/
連携機関・データベース国立情報学研究所 : 学術機関リポジトリデータベース（IRDB）（機関リポジトリ）