並列タイトル等Development of translational regulation platform of circadian rhythms using novel poly(A) determination method
タイトル(掲載誌)平成26(2014)年度 科学研究費補助金 挑戦的萌芽研究 研究成果報告書 = 2014 Fiscal Year Final Research Report
一般注記金沢大学理工研究域生命理工学系
一般にmRNA のポリA 鎖長は不均一な分布をもち、その長さを簡便にかつ厳密に決定できる方法は現在ない。そこで従来のAnchored RT-PCR 法を改良して、PACHINCO (Poly(A) Capture by Hairpin Chimeric Oligonucleotide)-RT-PCR 法を構築した。この方法は遺伝子特異的5’PCR プライマーをゲノム全遺伝子のmRNA 3’UTR に対応させるだけで、全mRNA ポリA 鎖長をハイスループットに決定できる。実際、全自動型DNA 分析用マイクロチップ電気泳動装置を用いて、Per1 mRNA のポリA 鎖伸長を確認することができた。
In general, the length of poly (A) in eukaryotic mRNA shows a wide distribution, and at present, there is no precise and simple method to determine it. A novel method for its determination was developed with the improvement of conventional anchored RT-PCR, and designated as PACHINCO (Poly (A) Capture by Hairpin Chimeric Oligonucleotide)-RT-PCR. The new method can be applied for the comprehensive determination of poly (A) in whole cellular mRNAs with simply replacing 5' primers used for PACHINCO-RT-PR with sequences involved in the corresponding 3'UTRs of mRNA. Indeed, the method was optimized for an automatic microchip DNA electrophoresis apparatus, and the elongation of poly (A) of Per1 mRNA was identified using this system.
研究課題/領域番号:25640100, 研究期間(年度):2013-04-01 - 2015-03-31
関連情報https://kaken.nii.ac.jp/search/?qm=00242115
https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-25640100/
https://kaken.nii.ac.jp/report/KAKENHI-PROJECT-25640100/25640100seika/
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