疾患に関わる非AUG型上流ORFの情報工学的網羅同定法の開発

資料種別: 文書・図像類

著者: 高橋, 広夫ほか

出版者: -

出版年: 2018-12-17

資料形態: デジタル

ページ数・大きさ等: -

NDC: -

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資料に関する注記

一般注記：: 金沢大学医薬保健研究域薬学系ゲノム上には非翻訳領域(UTR)が存在し、UTRに存在する上流ORF(uORF)は、下流のmORFの翻訳を阻害機能を持つことが近年注目され始めているが、その全貌はよく分かっていない。これまでに申請者は、種間で進化的に保存されている上流ORF(CPuORF)を網羅同定するバ...

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書誌情報

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デジタル

資料種別: 文書・図像類
タイトル: 疾患に関わる非AUG型上流ORFの情報工学的網羅同定法の開発
著者・編者: 高橋, 広夫
Takahashi, Hiro
著者標目: 高橋, 広夫
Takahashi, Hiro
出版年月日等: 2018-12-17
出版年（W3CDTF）: 2018-12-17
並列タイトル等: 新生鎖の生物学
Nascent-chain Biology
タイトル（掲載誌）: 平成30(2018)年度科学研究費補助金新学術領域研究(研究領域提案型) 研究実績の概要 = 2018 Research Project Summary
巻号年月日等（掲載誌）: 2017-04-01 – 2019-03-31
掲載巻: 2017-04-01 – 2019-03-31
掲載ページ: 1p.-
本文の言語コード: jpn
件名標目: バイオインフォマティクス
新生鎖
uORF
オミックス
対象利用者: 一般
一般注記: 金沢大学医薬保健研究域薬学系
ゲノム上には非翻訳領域(UTR)が存在し、UTRに存在する上流ORF(uORF)は、下流のmORFの翻訳を阻害機能を持つことが近年注目され始めているが、その全貌はよく分かっていない。これまでに申請者は、種間で進化的に保存されている上流ORF(CPuORF)を網羅同定するバイオインフォマティクス手法の開発に取り込んできた。本研究の目的は、疾患に関わるCPuORFを同定することである。当該年度で開発した新手法には、データベースのコンタミ除去のためのデータクレンジング技術、冗長性をおさえるための技術などを盛り込んであり、ある程度、定量的にデータの真偽を扱うことができるのが本手法の特徴である。AUG型のCPuORFを同定する新手法としては、ESUCA法は、ほぼ完成に至り、本手法をヒトゲノムに応用した。その結果、従来法でも同定可能な遠縁種にわたって進化的に保存されているCPuORFだけでなく、近縁種でしか保存されていない新手法でないと同定できないようなCPuORFも同定することができた。プログラムで自動で同定したCPuORFには、偽陽性が含まれている可能性もあり、手動でのチェックを必要としたため、予定より若干計画が遅れているが、ある程度、効率的にチェックすることも可能となってきた。現在、同定したヒトCPuORFの実験的検証を進めている。実験中の機能CPuORFには、疾患と相関しそうな遺伝子の上流にあるものも含まれ、疾患と翻訳アレストとの関係性を明らかにすることが可能である。非AUG型のCPuORFを同定する手法については現在取り組んでいるところである。
研究課題/領域番号:17H05659, 研究期間(年度):2017-04-01 – 2019-03-31
出典：研究課題「疾患に関わる非AUG型上流ORFの情報工学的網羅同定法の開発」課題番号17H05659（KAKEN：科学研究費助成事業データベース（国立情報学研究所））（https://kaken.nii.ac.jp/ja/grant/KAKENHI-PUBLICLY-17H05659/）を加工して作成
DOI: 10.24517/00059807
一次資料へのリンクURL: https://kanazawa-u.repo.nii.ac.jp/?action=repository_action_common_download&item_id=53525&item_no=1&attribute_id=26&file_no=1
https://kanazawa-u.repo.nii.ac.jp/?action=repository_action_common_download&item_id=53525&item_no=1&attribute_id=26&file_no=1
オンライン閲覧公開範囲: 限定公開
著作権情報: CC BY-NC-ND
関連情報: https://kaken.nii.ac.jp/ja/search/?kw=30454367
https://kaken.nii.ac.jp/ja/grant/KAKENHI-PUBLICLY-17H05659/
https://kaken.nii.ac.jp/ja/grant/KAKENHI-AREA-3607/
https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-AREA-3607/
連携機関・データベース: 国立情報学研究所 : 学術機関リポジトリデータベース（IRDB）（機関リポジトリ）
https://irdb.nii.ac.jp
提供元機関・データベース: 金沢大学 : 金沢大学学術情報リポジトリKURA