疾患に関わる非AUG型上流ORFの情報工学的網羅同定法の開発

Material type: 文書・図像類

Author: 高橋, 広夫ほか

Publisher: -

Publication date: 2018-12-17

Material Format: Digital

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Note (General)：: 金沢大学医薬保健研究域薬学系ゲノム上には非翻訳領域(UTR)が存在し、UTRに存在する上流ORF(uORF)は、下流のmORFの翻訳を阻害機能を持つことが近年注目され始めているが、その全貌はよく分かっていない。これまでに申請者は、種間で進化的に保存されている上流ORF(CPuORF)を網羅同定するバ...

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Material Type: 文書・図像類
Title: 疾患に関わる非AUG型上流ORFの情報工学的網羅同定法の開発
Author/Editor: 高橋, 広夫
Takahashi, Hiro
Author Heading: 高橋, 広夫
Takahashi, Hiro
Publication Date: 2018-12-17
Publication Date (W3CDTF): 2018-12-17
Alternative Title: 新生鎖の生物学
Nascent-chain Biology
Periodical title: 平成30(2018)年度科学研究費補助金新学術領域研究(研究領域提案型) 研究実績の概要 = 2018 Research Project Summary
No. or year of volume/issue: 2017-04-01 – 2019-03-31
Volume: 2017-04-01 – 2019-03-31
Pages: 1p.-
Text Language Code: jpn
Subject Heading: バイオインフォマティクス
新生鎖
uORF
オミックス
Target Audience: 一般
Note (General): 金沢大学医薬保健研究域薬学系
ゲノム上には非翻訳領域(UTR)が存在し、UTRに存在する上流ORF(uORF)は、下流のmORFの翻訳を阻害機能を持つことが近年注目され始めているが、その全貌はよく分かっていない。これまでに申請者は、種間で進化的に保存されている上流ORF(CPuORF)を網羅同定するバイオインフォマティクス手法の開発に取り込んできた。本研究の目的は、疾患に関わるCPuORFを同定することである。当該年度で開発した新手法には、データベースのコンタミ除去のためのデータクレンジング技術、冗長性をおさえるための技術などを盛り込んであり、ある程度、定量的にデータの真偽を扱うことができるのが本手法の特徴である。AUG型のCPuORFを同定する新手法としては、ESUCA法は、ほぼ完成に至り、本手法をヒトゲノムに応用した。その結果、従来法でも同定可能な遠縁種にわたって進化的に保存されているCPuORFだけでなく、近縁種でしか保存されていない新手法でないと同定できないようなCPuORFも同定することができた。プログラムで自動で同定したCPuORFには、偽陽性が含まれている可能性もあり、手動でのチェックを必要としたため、予定より若干計画が遅れているが、ある程度、効率的にチェックすることも可能となってきた。現在、同定したヒトCPuORFの実験的検証を進めている。実験中の機能CPuORFには、疾患と相関しそうな遺伝子の上流にあるものも含まれ、疾患と翻訳アレストとの関係性を明らかにすることが可能である。非AUG型のCPuORFを同定する手法については現在取り組んでいるところである。
研究課題/領域番号:17H05659, 研究期間(年度):2017-04-01 – 2019-03-31
出典：研究課題「疾患に関わる非AUG型上流ORFの情報工学的網羅同定法の開発」課題番号17H05659（KAKEN：科学研究費助成事業データベース（国立情報学研究所））（https://kaken.nii.ac.jp/ja/grant/KAKENHI-PUBLICLY-17H05659/）を加工して作成
DOI: 10.24517/00059807
Source: https://kanazawa-u.repo.nii.ac.jp/?action=repository_action_common_download&item_id=53525&item_no=1&attribute_id=26&file_no=1
https://kanazawa-u.repo.nii.ac.jp/?action=repository_action_common_download&item_id=53525&item_no=1&attribute_id=26&file_no=1
Access Restrictions: 限定公開
Rights (production): CC BY-NC-ND
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Original Data Provider (Database): 金沢大学 : 金沢大学学術情報リポジトリKURA