非標識サンプルの質量分析解析からタンパク質を定量する簡易エクセルツールの作成とその応用

Persistent ID (NDL): info:ndljp/pid/9425140

Material type: 博士論文

Author: 生駒, 俊和

Publisher: 新潟大学

Publication date: 2015-03-23

Material Format: Digital

Capacity, size, etc.: -

Name of awarding university/degree: 新潟大学,博士（医学）

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Note (General)：: 質量分析計の進歩によりタンパク質を網羅的に解析するプロテオミクスではその情報が膨大となり，ある注目するタンパク質の定量情報を研究者が手作業で抽出することはほとんど不可能になった．この問題を解決するために高価な市販の解析ソフトもあるが，本研究では質量分析によるプロテオミクスで非標識サンプルのタンパク質...

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Digital

Material Type: 博士論文
Title: 非標識サンプルの質量分析解析からタンパク質を定量する簡易エクセルツールの作成とその応用
Author/Editor: 生駒, 俊和
Publication, Distribution, etc.: 新潟大学
Publication Date: 2015-03-23
Publication Date (W3CDTF): 2015-03-23
Alternative Title: 非標識サンプルの質量分析解析からタンパク質を定量する簡易エクセルツールの作成とその応用
An Excel VBA tool works on protein identification results by using label free nanoLC-MS analysis
Degree grantor/type: 新潟大学
Date Granted: 2015-03-23
Date Granted (W3CDTF): 2015-03-23
Dissertation Number: 甲第3982号
Degree Type: 博士（医学）
Conferring No. (Dissertation): 甲第3982号
Text Language Code: jpn
Subject Heading: プロテオーム
ラベルフリー
Normalized Spectral Index(SI_N)
MASCOT
VBA
Note (General): 質量分析計の進歩によりタンパク質を網羅的に解析するプロテオミクスではその情報が膨大となり，ある注目するタンパク質の定量情報を研究者が手作業で抽出することはほとんど不可能になった．この問題を解決するために高価な市販の解析ソフトもあるが，本研究では質量分析によるプロテオミクスで非標識サンプルのタンパク質を定量する指標として使われているNormalized Spectral Index (SI_N)をエクセルで算出する簡便なツールの作成を目指した．それを用いた応用として，ヒト腎臓の皮質（6サンプル）と糸球体（3サンプル）の液体内トリプシン処理ペプチドサンプルを液体クロマトグラフィー‐質量分析装置で解析し（測定条件：MS target parameter:732 m/zと1032 m/zの2つの条件で測定），Mascotサーチエンジンでタンパク質を同定した情報から各サンプル中のタンパク質の定量値，SI_Nを算出した．また，タンパク質同定の信頼性を高めることを可能にするため，本ツールではペプチド同定の信頼性を示すスコア，peptide scoreが0以上の全てのペプチド情報を使う条件と20以上の信頼性の高いペプチド情報だけを使う条件でSI_Nを算出できるようにした．さらに，このツールを用いて，サンプルの均質性，プロテオーム解析結果の信頼性，再現性を検証するために，同一皮質サンプルと糸球体サンプルを3回測定した結果と糸球体サンプルに人為的にヒトのフケ成分をいろいろな割合で添加したサンプルの測定結果で，いくつかのタンパク質のSI_Nを求め，その変動係数率（CV）を求めた．その結果，皮質に有意に多いタンパク質が55種類，糸球体に有意に多いタンパク質が23種類を抽出できた．また，本ツールを利用し，CVを算定，比較することで各プロテオーム解析結果の信頼性を検証することが出来た．このツールは個人のパソコンでタンパク質の同定情報から注目するタンパク質のSI_Nを算出し，発現レベルの比較を容易にできるものであることが示された．
学位の種類: 博士（医学）. 報告番号: 甲第3982号. 学位記番号: 新大院博（医）甲第628号. 学位授与年月日: 平成27年3月23日
新大院博（医）甲第628号
開始ページ : 1
終了ページ : 19
Persistent ID (NDL): info:ndljp/pid/9425140
https://dl.ndl.go.jp/pid/9425140
Collection: 障害者向け資料
Collection (Materials For Handicapped People:1): テキストデータ
Collection (particular): 国立国会図書館デジタルコレクション > デジタル化資料 > 博士論文
https://dl.ndl.go.jp/collections/A00014
Acquisition Basis: 博士論文（自動収集）
Date Accepted (W3CDTF): 2015-07-01T13:17:09+09:00
Date Created (W3CDTF): 2019-08-05
Format (IMT): application/pdf
Access Restrictions: 国立国会図書館内限定公開
Service for the Digitized Contents Transmission Service: 図書館・個人送信対象外
Availability of remote photoduplication service: 可
Periodical Title (URI): http://hdl.handle.net/10191/32266
Data Provider (Database): 国立国会図書館 : 国立国会図書館デジタルコレクション
https://dl.ndl.go.jp